2010年、旧人類皆殺し計画を推し進める超能力結社“ノア”の総帥キース。 彼を止めようとするバーンは行きがけの駄賃でノアを足場に世界征服を企む謎のホンコン人ウォンをぶちのめしていた。
思惑と友情の間で揺れる二人の戦士から完璧に無視されたウォンは彼らの運命の対決中に ノア本部の自爆装置を作動させる。と言うか、んなもんつけるなとか思うのだが。 まぁ、悪の秘密結社だから仕方あるまいか。
ウォンはさっさと逃亡(自転車に乗って、希望・ドクロベー様もお怒りだべー）。
既に金で上層部に取り入ってたと思われる軍に入隊、対サイキッカー部隊を率いて彼らを狩る側に回った。
ノア本部に常駐してたのがキースの他にブラド、ソニアが居たが、ブラドは行方不明、
ソニアはウェンディーの前で爆発に巻き込まれる。キースもバーンと共に雲隠れ。
他の構成員達は指導者を失いノアは空中分解に陥る。
超能力者達は再び迫害の憂き目に遭う事になったのだ。
しかし、悲しいかな敵に回ったのは強力なサイキッカーにして野心家のウォン。 元々歪んだ性格なのが更に歪み直した彼は能力者の除去に奔走する。 そう、頂点は常に一人。サイキッカー達への迫害は次第に強硬になる。
そんな中、“キース復活”の吉報を以って新生ノアを打ち立てた男が一人、 彼の名はカルロ。彼は妹のレジーナと共に散逸したサイキッカー達を再び一つにまとめあげ新たなる希望として軍に対抗しようとした。
旧ノア時代に軍から刺客として現われたサイボーグ“ゲイツ”を 最終兵器“アルファ”として再生させたカルロは勢いに乗る。 しかし、ガデスの裏切りと軍の秘密兵器、人造サイキッカー“刹那”、 そしてかつて最強の潜在能力を持つと言われていたエミリオが軍に加入していた事で あっさりと形勢は逆転、新生ノアは風前の灯火となる。
事態は他所でも急変を遂げていた。 一人の少年が、ノア側だろうが軍側だろうが、どちらにも組しない者であってもサイキッカーであれば 容赦無く倒していったのだ。彼の名はマイト。そして彼と共に旅する少女、パティ。 彼女は彼とは逆に、自分の力を癒しに使う。しかし、ノア、軍双方から二人は付け狙われる。
日本影高野、サイキッカーに対抗出来る人間達の集団も、一人のサイキッカーによって壊滅状態に合った。
唯一生き残った潅頂玄信は敵地に赴く。
以前の戦いでエミリオともバーンとも生き別れたウェンディーも戦いに呑みこまれて行く。
総帥キースは？そしてバーンは？？波乱が波乱を呼び、伏線が入り乱れる！
サイキックフォース2012、ここに覚醒！!
伏線だけで終ってるのは秘密さ（ぼそ）